Hello Decrypthon's

I don't speak french (only a few words) but I would like to congratulate your team, you took the 12th position in the overall stats. This happened yesterday, October 27.
Did someone notice already? :)

Now our team Dutch Power Cows is pushed to the 13th rank.

Good luck and keep on crunching

On est justement en train de discuter de ces aspects lors de nos réunions.




J'ai cru comprendre que d'autres participants à ce groupe seraient très intéressés d'avoir ce genre d'info. Moi-même je n'ai pas vraiment d'idée des coûts d'exploitation d'un "super-ordinateur équivalent". Je pourrais à la limite demander l'avis de collègues à l'IN2P3 par exemple.

Je me rappelle cependant un échange où nous avions extrêmement grossièrement comparé la puissance électrique nécessaire pour faire tourner WCG (en se basant sur un proc "moyen") par rapport à ce que consommerait une machine équivalente de type Roadrunner. La conclusion était que cette dernière serait 6x moins efficace (GFlops/W). Ces calculs sont évidemment à prendre avec des pincettes, il faudrait que je retrouve les bases sur lesquelles nous nous étions appuyées. En outre il n'a pas été tenu compte des coûts annexes comme la clim et le "manpower"...





Là on est plus dans mon domaine de compétences (je suis bioinformaticien, pas informacticien pur et dur). Je ne peux personnellement pas opposer la bio "humide" à la bio "in silico" pour faire des comparaisons. Les deux sont extrêmement complémentaires.
Pour un projet comme HCMD, il y a des choses qui seraient absolument impossibles à faire en humide (et vice versa). Je veux dire que l'impossibilité d'étudier les interactions de plus de 2400 protéines différentes en elles, ce n'est pas simplement une question de "quantification de temps" (imaginons que tous les labos de la planète s'y mettent), c'est aussi une réalité expérimentale étant données les techniques disponibles aujourd'hui.
On utilise donc le "in silico" pour obtenir des indices et dégager des pistes de réflexions basées sur des modèles théoriques.
Par la suite, il faudra de toute façon revenir aux manips "humides" pour valider de manière expérimentale ces modèles.


En me relisant je ne sais pas si j'ai été très clair ou pas, alors je vais utiliser un autre exemple.
Prenons le cas d'un crash-test de voiture. D'un côté tu as l'aspect expérimental (=envoyer des voitures et des mannequins contre un mur). De l'autre tu as la possibilité de faire ça in silico, grâce à des modèles physiques élaborés (imaginons pour simplifier que ceux-ci soient parfaits).
Prendre une voiture et la balancer contre un mur c'est assez simple, bien que ça ait un coût important et que ça prenne du temps. Faire les calculs équivalents sur ordinateur c'est encore beaucoup plus simple, moins cher et plus rapide.
Ici je peux donc facilement communiquer sur le bénéfice qu'apporte la simulation par rapport à l'expérimental (X fois plus rapide, Y fois moins cher, etc.).

En bio ce n'est pas pareil car, parfois, je ne peux pas faire l'équivalent de la tâche "prendre une voiture et la balancer contre un mur". D'où ma difficulté à concevoir le temps "humide" équivalent aux opérations faites "in silico".

Une certaine partie des structures 3D utilisées dans HCMD2 n'ont par exemple jamais été déterminées expérimentalement (voir les difficultés inhérentes aux techniques de purification de protéines, de cristallographie aux rayons X ou de résonance magnétique nucléaire, ainsi que le site "Protein Data Bank"). Ce sont des modèles 3D théoriques construits directement à partir de données issues de séquençages de génomes, pour certains gènes dont on sait qu'ils peuvent jouer un rôle dans les myopathies. Reste à trouver de quelle manière (et ça, ça se passe en 3D, un peu comme s'il fallait résoudre un puzzle 3D, voire 4D si on considère une évolution au cours du temps).
Une fois une théorie élaborée, il sera plus facile de trouver des moyens expérimentaux pour la confirmer ou l'infirmer, plutôt que de tout devoir bâtir uniquement à partir de l'expérimental.


Bon, désolé, j'ai largement digressé par rapport à l'objet initial qui était de savoir quel message simple on pourrait essayer de faire passer durant le Téléthon...

Merci à ceux qui m'auront lu jusqu'au bout. En espérant que ça ait intéressé quelques personnes.

Bonjour
gemineo/Michaël, une nouvelle fois je te remercie pour tes explications qui sont de mon point de vue assez claires (mais j'ai un bagage scientifique).
Ces explications confirment largement ce que j'essayais de communiquer dans mon message précédent : participer au projet Décrypthon est un acte essentiel pour faire avancer la recherche à la fois en termes de rapidité (cf. "in silico" versus "in vitro") qu'en termes de complexité (certaines études ne peuvent avoir lieu que "in silico" mais leurs résultats impactent largement la compréhension que peuvent finalement avoir les chercheurs des modèles et de la réalité).
Concernant les coûts d'exploitation des superordinateurs, je vais essayer de me renseigner de mon côté. Franchement, je pense que l'aspect "facture d'électricité" est très probablement "subsidiaire" au regard des autres coûts tels que la maintenance, l'administration, la configuration et le monitoring quotidien des performances de tels systèmes.

Persévérons dans notre effort de participation et bon courage à Tous,
Yves

Ouh alors là je resterai prudent avant d'avoir des chiffres de source sûre.
Le plus gros centre de calcul que j'aie visité est celui de l'IN2P3 à Villeurbanne. Sans être gigantesque, il est déjà bien impressionnant et intéressant pour qui aime ce genre de "joujoux".

Pourtant, il y a finalement assez peu de personnes au regard du nombre de machines. Et tout le monde n'est certainement pas cantonné à la maintenance, puisqu'il y a aussi des travaux de recherches qui sont effectués sur place.
De même, le monitoring, les backups, etc. sont largement automatisés.
Par contre, il s'avère que le facteur limitant dans ce genre de salle est la capacité à la climatiser. Machines+clim c'est un coût énorme en électricité.

Vu que l'IN2P3 est un établissement du CNRS, donc publique, je pense qu'il y aura moins de réticences à divulguer des chiffres (cf. cas de Mr Kermit). Si j'en obtiens et que j'ai le droit de les publier je ferai suivre ici.

Et puisque je parle de centre de calcul... Alessandra Carbone ira rencontrer des gens du CERN prochainement. Apparemment ils se seraient spontanément proposés à nous fournir des ressources en attendant que le LHC soit en meilleure forme et crache ses data. Si ça se fait et qu'on a une machine de guerre dédiée à HCMD2, miam, miam...
Reste à voir comment faire ça en pratique, à la fois du point de vue du déploiement sur une telle infrastructure et de l'impact sur les serveurs du WCG (ce n'est pas anodin de mettre d'un seul coup autant de puissance à disposition). Bref, Bill Boverman et les techs sont au courant puisqu'Alessandra a annoncé la nouvelle lors de notre dernière réunion. Wait and see...

Cela me rappelle de vieux souvenirs, Yves... J'ai quitté cette école en 1974...
A l'époque, de mémoire, ils utilisaient une machine d'avant garde à ce moment là , un CDC Cyber70 ! Il n'y en avait que deux en Europe (EPFL et Louvain) et deux aux USA !!! (Même l'EPFZ tirait la gueule, c'est pour dire...)
Je passais mes nuits dans une salle annexe à perforer des cartes, et le matin à huit heures, on faisait la queue pour faire lire nos mètres de cartes par un seul lecteur qui faisiait le bruit d'une mitrailleuse !!! Puis, on attendait le soir pour trouver notre listing accroché au mur. Le coeur battait alors... Je me souviens toujours, mon code était H21 ! Mais souvent, on trouvait la simple phrase "fatal error" ! Heureusement, sur le listing était imprimé l'ensemble des cartes, dans l'ordre lu par la machine. La nuit suivante, on corrigeait, puis on recommençait... On utilisait le Fortran pour les calculs et certains le L-Algol pour les bases de données. C'était vraiment une autre époque, un autre siècle !
Je suis vraiment content d'apprendre qu'ils ont une nouvelle machine toute neuve !